Dalam menghadapi tantangan global dan derap keilmuan yang pesat, serta upaya mensejajarkan diri dengan fakultas kedokteran yang ternama di dunia, FK UGJ melakukan akselerasi peningkatan kualitas dalam aspek akademik, riset, dan pengabdian kepada masyarakat. Hal ini dibuktikan dengan ditandatanganinya perjanjian kerja sama dengan beberapa fakultas kedokteran di luar negeri, seperti University of Poitiers (Perancis), Maastricht University(Belanda), dan Central Queensland University (Australia), yang membuka peluang bagi FK UGJ untuk melaksanakan program pertukaran mahasiswa, dosen, dan riset bersama.Ke depan, seiring dengan penegasan visi-misi institusi dan prinsip mengembangkan kemajuan pendidikan kedokteran, FK UGJ berkomitmen dalam berkolaborasi dengan institusi baik dalam negeri maupun luar negeri dalam kaidah kemajuan, kemitraan, dan kerja sama.
FK UGJ setiap tahun mengirimkan sejumlah mahasiswa untuk student exchange program dalam modul genetik di University of Poitiers. Telah terdapat beberapa penelitian dan publikasi bersama antara FK UGJ – FK Undip-University of Poitiers.Selain itu, FK UGJ mendukung secara aktif penelitian dan publikasi ilmiah (presentasi poster, presentasi oral, jurnal ilmiah kedokteran terindeks) baik berskala nasional maupun internasional bagi mahasiswa dan dosen.