Pada tanggal 28 November 2002 di bawah kepemimpinan Rektor Unswagati H. Ili Rohaeli, SH., MM. (almarhum) dan persetujuan Ketua Umum Yayasan Pendidikan Swadaya Gunung Jati, diajukan proposal pendirian Program Studi Pendidikan Kedokteran ke Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional RI. Pengajuan proposal tersebut mendapat tanggapan dari Dirjen Dikti dengan nomor surat 503/D2/2003 pada tanggal 20 Maret 2003 yang ditujukan kepada Majelis Kolegium Kedokteran Indonesia Ikatan Dokter Indonesia di Jakarta.

Pada tanggal 8 Agustus 2003, Majelis Kolegium Kedokteran Indonesia melalui Kolegium Dokter Indonesia melakukan visitasi ke Universitas Swadaya Gunung Jati untuk melihat kelayakan pendirian program studi kedokteran dasar di Unswagati. Dari hasil visitasi tersebut direkomendasikan bahwa Unswagati harus mempunyai Fakultas Kedokteran pembina dan ketersediaan ruang kuliah dan laboratorium untuk 4 semester.

Melalui pendekatan yang persuasif dan intens, maka pada tanggal 10 Agutus 2004 Fakultas Kedokteran Universitas Diponegoro bersedia sebagai Fakultas Pembina Program Studi Pendidikan Kedokteran Unswagati dengan nomor surat 1835/J07.1.17/KS/2004 dan dilanjutkan dengan penandatanganan kesepakatan kerjasama (MoU) dengan Universitas Diponegoro Semarang pada tanggal 14 September 2004.

Dengan semangat perjuangan dan kesabaran, di bawah pimpinan Dr. H. Djakaria Machmud, SE., SH., M.Si. selaku Rektor Unswagati dan Tim Pendiri Fakultas Kedokteran Unswagati, akhirnya pada tanggal 11 Juli 2008 Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional RI mengeluarkan Surat Keputusan Izin Operasional nomor: 2119/D/T/2008, sehingga program pendidikan kedokteran dapat diselenggarakan. Sejak tanggal 30 Oktober 2008 proses pembelajaran telah dimulai dilaksanakan di Fakultas Kedokteran Unswagati. Dan pada tanggal 18 Oktober 2012 Program Studi Pendidikan Dokter Fakultas Kedokteran Unswagati memperoleh status akreditasi C dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi melalui Surat Keputusan Nomor : 032/BAN-PT/Ak-VII/S1/X/2012.

Penyelenggaraan program pendidikan kedokteran di Fakultas Kedokteran Unswagati harus mempunyai perencanaan yang strategis dalam perkembangannya, untuk itu harus dibuat Rencana Strategis Fakultas Kedokteran Unswagati untuk 5 tahun kedepan yang mengacu pada Rencana Induk Pengembangan Universitas Swadaya Gunung Jati.

Rencana Strategis Fakultas Kedokteran Unswagati kerangkanya adalah pengembangan ke arah fungsi institusi Program Pendidikan Kedokteran Dasar Unswagati sebagai pemeliharaan ilmu, yaitu berpartisipasi aktif mengembangkan pendidikan ilmu kedokteran pelayanan primer dengan pendekatan kedokteran keluarga, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat. Berdasarkan kerangka pengembangan tersebut, tujuan rencana strategis adalah terselenggaranya proses pendidikan kedokteran dasar atas kemampuan sendiri dengan tersedianya segala sarana dan prasarana yang di perlukan dalam wadah Fakultas Kedokteran Unswagati di bawah Unswagati.