Dekan Fakultas Kedokteran bertugas mewakili Rektor dalam memimpin pengelolaan kegiatan dan penjaminan mutu dalam pendidikan akademik, dan pendidikan profesi dalam satu rumpun disiplin ilmu pengetahuan, teknologi, dan/atau seni serta riset dan pengabdian pada masyarakat dalam satu atau seperangkat cabang ilmu pengetahuan.

Dekan juga berperan dalam memajukan reputasi fakultas atau departemen yang dipimpinnya, berinteraksi dengan mahasiswa, dosen, staf administrasi, dan pihak luar, serta mengambil keputusan strategis terkait dengan arah pengembangan fakultas atau departemen. Posisi dekan bisa berbeda-beda di setiap perguruan tinggi, tergantung pada aturan dan struktur organisasi kampus masing-masing.